Vastavalt kodukorral moodustatakse ENÜ eesmärkide täitmiseks olulistes valdkondades ümarlaua alalised ja ajutised töörühmad, mis koondavad antud valdkonnas kompetentseid ümarlaua osapoolte esindajaid ja mille ülesandeks on jälgida valdkonnas toimuvat, anda valdkonna oluliste küsimuste kohta teavet teistele ümarlaua osapooltele ja valmistada ette ümarlaua ekspertarvamusi, pöördumisi ja aktsioone. Töörühma tegevusse on õigus kaasata eksperte väljastpoolt ümarlauda.
Ümarlaua töörühma moodustamine ja selle tegevuse lõpetamine otsustatakse ENÜ koosolekul.
Ümarlaua töörühma juhiks võib olla ümarlauda kuuluv organisatsioon või üksikisik, kes on mõne ümarlaua osapoole volitatud esindaja. Töörühma liikmeteks võivad olla kõigi ümarlauda kuuluvate ühenduste liikmed.
ENÜ töörühmad tegutsevad igasugusel otstarbekal viisil, eelkõige koosolekute ja arutelude korraldamise läbi. Koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele. Arutelu võib toimuda ka virtuaalselt. Informatsiooni parema liikumise tagamiseks lülitatakse töörühmade e-listidesse ja aruteludesse ka peasekretär ja võimalusel eesistuja.
Läbi aastate on regulaarselt tegutsenud kolm ENÜ töörühma: vägivallavastane töörühm, hariduse töörühm ja seadusandluse jälgimise töörühm.
2019. aasta aprillis otsustas ENÜ luua kolm uut töörühma: maapiirkondade naiste töörühma, vanemaealiste naiste töörühma ja perekonna töörühma.